人类对益生菌（Probiotics）的认识源于发现发酵能够防止腐败，并使用酸奶、酒等发酵产品治疗疾病（M Ozen., 2015）。1850s巴斯德（Pasteur）发现发酵产生酒精的酵母菌和发酵产生酸奶的乳酸菌。 1880年，与李斯特（Lister）同一研究机构的科研人员从粪便中离出乳酸菌。

1889年，巴斯德研究所Henry Tissier发现双歧杆菌，并注意到双歧杆菌是母乳喂养婴儿肠道菌群中的优势微生物。之后Tissier提出双歧杆菌能够使肠道失衡有害细菌的正常化，治疗急性胃肠炎，首次提出友好型细菌可用于治疗肠道疾病。1905年Stamen Grigorov从保加利亚发酵乳制品中发现保加利亚乳酸菌。基于保加利亚山区食用大量发酵奶制品的村民比一般人口的寿命更长，1908年Elie Metchnikov出版《生命的延长；乐观的研究The prolongation of life; optimistic studies》一书，提出肠道菌群会产生有害物质，导致衰老，乳酸菌能够降低肠道pH值，抑制有害菌的观念。并且推荐每日饮用酸奶，来维持健康。Elie Metchnikov也被称为益生菌之父。

1917年，Alfred Nissle利用非致病性大肠杆菌发现有益菌能够抑制有害菌在肠道内定植。这也使益生菌的应用从肠道传染性疾病，逐渐拓展到其它肠道疾病。1930年，日本京都大学（Kyoto University）的Minoru Shirota从人类肠道中分离出一种能够耐受胃酸和胆酸的乳酸菌。1935年，Shirota推出使用这种益生菌生产的乳制品“益力多Yakult”。

之后研究显示，益生菌除了能够降低肠道pH值抑制有害菌，阻止有害菌在肠道内定植之外，还具有免疫调节作用，益生菌的应用也从肠道疾病拓展到其它疾病。

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