• 抗菌药物
• 抗病毒药物

感染（包括瘟疫）是一种古老的疾病，尽管对于感染本质的正确认识，要归功于显微镜，但早在公元前1世纪。古罗马学者Marcus Terentius Varro就已经提出猜测，有一些肉眼看不到漂浮在空中的微小生物，通过嘴巴和鼻子进入人体，导致严重疾病。1546年文艺复兴时期意大利学者Girolamo Fracastoro在其著作《De Contagione et Contagiosis Morbi（论传染病）》中提出引起传染病的是一种难以察觉每种疾病所特有类似于“种子”的物质，它能够快速传播、迅速繁殖，可通过直接接触、污染物间接接触，以及通过空气进行长距离传播。1656年Athanasius Kircher试图通过在显微镜下研究受害者的血液来寻找腺鼠疫爆发的原因，他描述在非常精细的显微镜下观察到传播瘟疫的小蠕虫，被认为是关于微生物病原体的首次明确陈述。 1665年Robert Hooke出版《显微图谱Micrographia》一书，通过观察软木塞切片，提出细胞的概念。并通过观察霉斑，发现微真菌（Microfungi）。1676年Antonie van Leeuwenhoek通过显微镜观察精确描述细菌和和原生生物，被认为是微生物学之父。

关于微生物的来源，最初认是从泥土、湖泊或任何有足够营养的地方自发涌现出来。1858年Louis Pasteur通过一系列鹅颈烧瓶加热实验，有力反驳了微生物自发产生的观点。1862年Pasteur提出，在62.8℃下温和加热30分钟，足以在不破坏产品味道的情况下破坏不需要的微生物，该过程被称为巴氏灭菌法。1879年 Pasteur偶然发现，随着时间的推移培养基中多杀巴斯德杆菌（Pasteurella Multocida）的毒性会减弱，成功制备出减毒疫苗。1882年Pasteur发明狂犬病疫苗，成功攻克狂犬病。Pasteur在疫苗方面的贡献，奠定了疫苗学发展基础

1867 年Joseph Lister在通过在手术敷料上涂抹苯酚来防止微生物进入伤口，引入外科消毒技术，被称为防腐手术之父。

1876年Robert Koch发现炭疽病由炭疽杆菌引起，奠定了疾病细菌理论的基石。1882年Koch发现结核杆菌，并试图通过灭活结核杆菌制作疫苗，尽管Koch的灭活疫苗疗效有限，并且可能致命，但Koch的贡献也奠定了灭活疫苗的发展基础。

1884年Pasteur的助手Charles Edouard Chamberland开发出能够过滤掉细菌的过滤器——Chamberland过滤器。1898年Martinus Beijerinck发现患病烟草植株汁液中含一种未知能够通过Chamberland过滤器的微生物，可传染其它植株。该微生物与细菌不同可在琼脂培养基表面进行扩散，并将其命名为病毒（Virus）。1933年Ernst Ruska和 Max Knoll发明电子显微镜，Helmut Ruska用于Ernst Ruska开发的电子显微镜，首次观测到病毒。

1888年Ludwig Brieger引入毒素（Toxin）一词用于指代细菌释放的危害健康的物质，1892年 Richard Pfeiffer引入内毒素（Endotoxin）一词用于指代菌体裂解后释放出来的毒素。1890年Emil von Behring 和Shibasaburo Kitasato利用白喉和破伤风毒素免疫血清开发出白喉和破伤风抗毒素。抗毒素不仅挽救了无数生命，也开创了免疫血清类抗感染药物。

1904年Paul Ehrlich发现染料台盼红（Trypan Red）能够抑制锥虫并成功治疗小鼠锥虫病。随后转向开发治疗梅毒的有机砷化合物，在德国Georg-Speyer-Haus研究所的帮助下，筛选606个化合物后得到砷凡纳明（Salvarsan）。砷凡纳明一度作为梅毒的主要治疗药物，直到出现青霉素。Ehrlich成为抗感染化学治疗的奠基人。

1928年Alexander Fleming发现一种青霉菌属真菌产生的汁液能够杀死葡萄球菌，他将这种霉菌汁中的物质命名为青霉素。由于未能实现进一步提纯，Fleming的发现未能引起重视。1930s Ernst Chain发现Fleming的文章，并向他的导师Howard Florey提议，分离这种化合物。1939年Florey组建研发团队，并实现成功提纯青霉素。1941年2月一名出现严重感染的英国警察成为第一个接受青霉素治疗的患者，该患者在接受青霉素治疗后感染得到明显控制，尽管该患者最终死亡，但显示了青霉素在治疗感染方面的巨大价值。青霉素的出现开创了抗生素这一品类。抗生素成为治疗细菌感染最常用的药物。

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